A mai formájában oly változatos, finom és tápláló csokoládé eredete egy egyszerű, barna babhoz nyúlik vissza. A kakaóbab a kakaófán terem, mely feltételezések szerint vadon nőtt az Amazonas vidékén. Az első kakaóültetvényeket valószínűleg i.sz. 600 körül a Yucatanhoz vándorló maják hozták létre. Az aztékok is használták a babot, így akár ők is eljuttathatták azt Közép-Amerikába.

A kakaóbab kettős szerepet töltött be. Használták fizetőeszközként: állítólag 10 babért egy nyulat, százért pedig már rabszolgát is adtak. Másrészt alapjául szolgált egy keserű, habos italnak, melynek vallásos, szertartási jelentősége volt. A chocolatl-nak (keserű íz) nevezett italt úgy készítették, hogy a pirított, őrölt babot vízhez, vagy borhoz adták, majd habosra keverték.

Az Amerikát felfedező Kolumbusz Kristóf volt az első európai, aki kakaóbabot látott és megízlelte az italt. A spanyol királyi udvarba visszatérve magával hozta a kakaóbabot, de ott csekély érdeklődést mutattak iránta, talán azért, mert Kolumbuszt magát is inkább a keletre történő utazás újabb útvonalai foglalkoztatták. A kakaóbabbal ezután semmi érdemleges nem történt egészen addig, míg Cortez 1519-ben meg nem hódította Mexikót. Embereivel meghívást kapott az azték Mantezuma császár, pompás udvarába. Bár Corteznek nem ízlett az ital, ámulatba ejtette, ahogyan díszes aranykupákban felszolgálták, valamint, hogy milyen sokat fogyasztanak belőle a császár és barátai. Cortez hamar felismerte a kakaóbabnak, mint fizetőeszköznek az értékét is, ezért a spanyol zászló égisze alatt létrehozta saját kakaóültetvényét. Amikor a spanyolok elhagyták Mexikót, magukkal vittek a babból, és vándorlásai során különböző helyeken vetették el. Hazatérve Cortez bemutatta a csokoládéitalt a spanyol udvarnak. Mivel a nedű, csípős és keserű volt, a spanyolok cukrot és vaníliát adtak hozzá. Ennek köszönhetően az ital sokkal kellemesebbé vált, és hamarosan nagy népszerűségre tett szert az udvarban és a felsőbb társadalmi körökben. A spanyolok egyre több kakaóbabot kezdtek termeszteni a tengerentúlon, de elkészítésének titkát majd 100 évig őrizték.

1606-ban egy Antonio Carlotti nevű olasz Itáliába vitte a receptet. Azóta terjedt el az ital egész Európában. Amikor Ausztriai Anna hozzáment XIII. Lajoshoz, magával vitte saját csokoládéját, így amikor a spanyol hercegnő Marie Thérese XIV. Lajos felesége lett, a csokoládé már elterjedt a királyi udvarban, kineveztek egy udvari italkészítőt, és a csokoládéivás szinte divathóborttá vált. A kávéházak mellé, amelyek már népszerűek voltak Angliában, csokoládéházak társultak. Ezek a helyek voltak a mai presszók, bárok előfutárai, és politikusok, írók, előkelőségek látogatták őket.

Az első csokoládégyárat 1765-ben az amerikai Új-Angliában alapították. Hasonló gyárakat hoztak létre Európában is. Dr. Joseps Fry volt az első angol, aki nagyüzemileg gyártott csokoládét. Az igazi áttörés 1828-ban következett be, amikor egy C. J. Van Houten nevű holland szabadalmaztatott egy eljárást, amivel kakaóport és kakaóvajat lehetett nyerni a kakaóból. Addig az egész babot őrölték meg és használták fel a „zsíros”ital készítéséhez. Van Houten kakaóprése sajtolta a kakaóvaj egy részét, és visszamaradt az, amit most kakaópornak nevezünk. Húsz év múlva Joseph Fry feltalálta, hogyan kombinálhatja össze a kivont kakaóvajat a folyékony csokoládéval és cukorral, hogy szilárd csokoládét hozzon létre.
1867-ben pedig Henri Nestlé frankfurti kémikus tejalapú tápszert kísérletezett ki az anyatej pótlására. Nestlé vevey-i üzemében a sűrített tej hozzáadásával készítette el 1875-ben Peter Daniel az első tejcsokoládét.

Magyarországon 1920 óta gyárt csokoládét a Szerencsi Csokoládégyár.
Néhány évvel később Rudolphe Lindt feltalálta a csokoládéfinomítás módját. Amíg a csokoládét italként fogyasztották, nem számított, hogy az csomós, daraszerű, mert ezek a részecskék folyadék hozzáadásával feloldódtak vagy leülepedtek. A szilárd csokoládéval azonban más volt a helyzet. Lindt eljárása során a csokoládét 72 órára fűtött tartályba rakták, és hengerek, illetve tárcsák között finomították. Ez selymes simaságot kölcsönzött a csokoládénak, és lehetővé tette, hogy az addigi pogácsákká történő préselés helyett különböző formákba öntsék.

Azóta a technológiai változások nagy iramban felgyorsultak a csokoládé és csokoládés termékek gyártása terén. A luxuscikkből, melyek csak a gazdagok engedhették meg maguknak, a csokoládé mára mindenki számára elérhető áruvá vált.